به دنبال گسترش فزاینده تبلیغات و اتهامات علیه مسلمانان فکر انتشار دانشنامه اسلام معاصر در سال 85 شکل گرفت. ابتدا طی جلسات متعدد با حضور صاحب نظران، سیاست های کلی و خط مشی دانشنامه تعیین گردید و بیانیه ماموریت دانشنامه شامل ضرورت ها، چشم انداز، اهداف، مخاطبین، روش ها و ... تدوین شد. در این جلسات سیاست های مربوط به مفاهیم، اشخاص، رویدادها، احزاب، رسانه ها و ... مورد تصویب قرار گرفت.
بدنبال تعیین سیاست ها و خط مشی علمی برنامه انتشار دانشنامه در 4 جلد با حدود 1200 مدخل به زبان انگلیسی تعیین شد.
در ابتدا مدخل های مرتبط با تحولات دویست سال اخیر جهان اسلام جمع آوری شد و سپس این عناوین از لحاظ موضوعی تفکیک گردید. این موضوعات شامل مفاهیم، اشخاص، احزاب، رسانه ها، رویدادها، مذاهب و فرق، قراردادها، کتب، گروه ها و نهادها می باشد. این مدخل ها در شورای علمی دانشنامه طی جلسات متعدد مورد ارزیابی قرار گرفت و ضمن حذف و اضافه کردن بعضی مدخل ها، حجم متناسب برای هر یک تعیین شد تا در نهایت مدخلنامه اولیه با بیش از950 مدخل اصلی و 110 مدخل ارجاعی به تصویب رسید.
مدخل های مفاهیم با 230 عدد مدخل و 23 درصد حجم مهمترین موضوع دانشنامه است. در این بخش مفاهیم جدیدی چون بنیادگرایی، تروریسم، دمکراسی، سکولاریسم همراه با مفاهیم دینی چون ولایت فقیه، استکبار، خلافت، عدالت، مهدویت بررسی خواهد شد و اهمیت و کاربرد آنها در دنیای معاصر از نظر فکری و سیاسی مورد توجه قرار خواهد گرفت.
با توجه به نقش نهادهای سیاسی در جهان اسلام دانشنامه سعی می کند نحوه تشکیل این نهادها و تحولات آنها در کشور های اسلامی توضیح دهد. نهادهایی نظیر پارلمان، احزاب، رسانه ها از اهمیت ویژه ای بر خوردار می باشد، روند شکل گیری احزاب در دنیای اسلام و تاثیر فکری و سیاسی آنها و همچنین اهمیت رسانه ها از جمله روزنامه ها، مجلات، اینترنت، ماهواره ها مورد توجه خاص قرار دارد.
 
ردیف
گروه
تعداد مدخلها
درصد
حجم برحسب ستون (هرستون 350 کلمه)
درصد
1
مفاهیم
230
23%
1612
33%
2
اشخاص
278
28%
657
13%
3
جغرافیا
123
12%
1025
20%
4
احزاب
81
8%
402
9%
5
رسانه
32
3%
108
2%
6
رویدادها
36
4%
222
4%
7
فرق
23
2%
128
2%
8
قراردادها
25
2%
51
1%
9
کتب
18
2%
90
2%
10
گروه ها
18
2%
126
2%
11
نهادها
115
12%
538
11%
12
سلسله ها/خاندان
14
2%
27
1%
13
جمع
993
100%
4986
100%
 
بعد از تعیین موضوعی مدخل ها، آنها از لحاظ مناطق جغرافیایی نیز طبقه بندی شدند این حوزه های جغرافیایی عبارتند از:
خاورمیانه، ایران، عثمانی و ترکیه، آفریقا، ماوراءالنهر و قفقاز، شبه قاره، اروپاوآمریکا، بین الملل، آسیای جنوب شرقی. علاوه بر این حوزه ها، مدخل هایی که مربوط به حوزه جغرافیایی خاص نبودند و تمام دنیای اسلام را در بر می گرفتند، تحت عنوان گروه عمومی/ اسلام آورده شده است. مفاهیم به دلیل ماهیت فراگیر خود همچنان یک گروه مستقل را تشکیل می دهد.
در این رابطه گروه ایران بعد از مفاهیم با 191 مدخل و 19 درصد حجم دانشنامه از بین مناطق جغرافیایی بیشترین بخش را به خود اختصاص داده است.
 
ردیف
گروه
تعداد مدخلها
درصد
حجم برحسب ستون (هرستون 350 کلمه)
درصد
1
خاورمیانه
101
10%
484
10%
2
ایران
191
19%
743
15%
3
عثمانی/ ترکیه
65
7%
356
7%
4
آفریقا
120
12%
424
8%
5
ماورالنهر/قفقاز
64
6%
219
5%
6
شبه قاره
68
7%
284
6%
7
اروپا/آمریکا
31
3%
145
3%
8
بین الملل
39
4%
173
3%
9
آسیای جنوب شرقی
28
3%
151
3%
10
عمومی/اسلام
78
8%
572
11%
11
مفاهیم
208
21%
1435
29%
12
جمع
993
100%
4986
100%
 
همزمان با تقسیم بندی مدخل ها بر حسب موضوع و حوزه جغرافیایی، گروه های علمی مسئول هر حوزه مشخص شدند. سپس مدیریت این گروه ها بر اساس تخصص و تجارب کاری اعضای شورای علمی بین آنها تقسیم شد. با اتمام مدخلنامه اولیه به منظور استفاده از نظرات متخصصین و صاحب نظران و جلب همکاری آنها ملاقات و جلسات متعددی در داخل و خارج از ایران برگزار گردید.
به منظور ایجاد هماهنگی در بین مقالات دانشنامه و ارایه چارچوبی برای راهنمایی مولفان و اجتناب از بکار گیری سلایق شخصی در بعضی از موضوعات که ضروری تشخیص داده شده است، شیوه نامه نگارش مقالات همراه با یک نمونه تهیه شده است.شیوه نامه نگارش مقالات جغرافیایی، اشخاص، احزاب و نهاد ها، رسانه ها، مذاهب و فرق و مفاهیم از جمله آنهاست.
همزمان با انجام این مقدمات، کار اصلی شناسایی مولف و سفارش مقالات توسط مدیران گروه ها آغاز شده است و تاکنون جلساتی در این رابطه در حوزه های مختلف تشکیل شده است.
همچنین به منظور ارتقاء کیفیت علمی دانشنامه و ایجاد تعامل مستمر با مخاطبان و صاحبنظران پایگاه اینترنتی ویژه ای راه اندازی شد تا زمینه مشارکت فراگیرتر دانش پژوهان از طریق تضارب آراء و نقد و گفتگو در فرآیند تالیف و تدوین مقالات دانشنامه فراهم گردد.