مفاهیمی که در دانشنامه اسلام معاصر بررسی می شود، متنوع و متکثر است و حداقل می­توان این مفاهیم را به چند دسته تقسیم بندی کرد:
الف) مفاهیم برخاسته از فرهنگ و تمدن اسلامی نظیر: توحید، شهادت، جهاد، شورا، فتنه و ...
ب) مفاهیم برخاسته از فرهنگ و تمدن غربی مانند ایدئولوژی، دموکراسی، آزادی، استعمار، فمینیسم و...
ج) مفاهیم جدید که در فرهنگ سیاسی جوامع اسلامی رواج یافته است، نظیر: بازگشت به خویش، برخورد تمدنها، اصلاح سازمان ملل، روشنفکری دینی، ملی کردن و ...
در تمام این موارد نکته اساسی، جایگاه هریک از این مفاهیم در فرهنگ سیاسی و تحولات معاصر جهان اسلام است:
مفاهیم گروه الف) این دسته از مفاهیم دارای ابعاد تاریخی، کلامی و فقهی هستند، که با توجه به هدف این دانشنامه، بررسی این ابعاد خارج از حیطه وظائف آن قرار می گیرد. در این دانشنامه معنای سیاسی و کاربرد اجتماعی این مفاهیم مدنظر است و ابعاد فوق فقط تا آنجا مورد اشاره قرار می گیرد که به درک معنای سیاسی و نقش اجتماعی این مفاهیم کمک رساند.
مفاهیم گروه ب) روش دانشنامه در مورد این مفاهیم تعریف و تشریح آنها در بستر فرهنگی و اجتماعی آن ها نیست، بلکه نحوه ورود این مفاهیم به جهان اسلام و موضعگیری مسلمانان نسبت به آنها محور بحث است. اینکه کشورهای اسلامی از لحاظ نظری چگونه این مفاهیم را تفسیر کرده و در عمل چه موضعی نسبت به آن اتخاذ کرده اند در این دانشنامه اهمیت ویژه ای دارد. به عبارت دیگر چالش ها و فرصت هایی که ورود این مفاهیم به متن فرهنگ سیاسی جوامع اسلامی ایجاد کرده اند مورد توجه خاص این دانشنامه است
 مفاهیم گروه ج) مفاهیمی عام هستند. در بحث از این مفاهیم رویکرد و عملکرد مسلمانان و کشورهای اسلامی نسبت به این مفاهیم مدنظر است. مثلاً «اصلاح سازمان ملل» فرایندی عام است که کلیه کشورها نسبت به آن موضع دارند، ولی در این خصوص رویکرد کشورهای اسلامی و اولویت­ها و اقدامات آنان مورد نظر است.
 
با در نظر گرفتن توضیحات فوق لازمست در تألیف مدخلهای ذیربط به موارد زیر توجه شود:
         1. تبیین مفهوم و ارائه تعریف اجمالی.
         2. اهمیت سیاسی و تاریخی مفهوم (زمینه ورود به گفتمان های جدید).
         3. جایگاه آن مفهوم در گفتمان سیاسی معاصر.
         4. رویکردهای نظری مختلف نسبت به هریک از مفاهیم (موافق، مخالف)
         5. عملکرد مسلمانان در قبال آن مفهوم (مقابله، مصالحه، سازش، اقتباس و...)
         6. چالش ها و فرصت ها.